外来物种侵入造成的损失是巨大的。据国际自然资源保护联盟（IUCN）的报告，外来物种入侵给全球造成的经济损失每年超过4000亿美元，不亚于一场局部战争的开支费用。据报道，美国发动伊拉克战争的费用，美国防部长盖茨称是5000多亿美元，外界报道最多也就是接近7150亿美元。
中国生态系统多样，因此大多数生物“入侵者”来了，都能找到合适的栖息地，因此是遭受外来生物入侵最严重的国家之一。几乎所有的生态系统，从森林、农田、水域、湿地、草甸到城市居民区等，都受到外来生物破坏，其中最严重的是水生生态系统。
首先是经济方面的损失。2006年3月，联合国《生物多样性公约》组织发表报告说，美国、印度、南非等三个国家受外来物种入侵造成的经济损失分别为1370亿美元、1200亿美元和980亿美元。
我国农业部门根据入侵生物每年造成的农林作物减产以及防治这些入侵生物所需的费用等测算，仅11种外来入侵物种给农业、林业造成的经济损失就高达570多亿元，给我国造成的经济损失在1000亿元以上。今年7月份，山东省仅仅用于飞机喷药防治第一代美国白蛾的直接费用就高达为7521万元。
其次是严重破坏生态平衡。外来物种入侵，会对植物土壤的水分及其他营养成份，以及生物群落的结构稳定性及遗传多样性等方面造成影响，从而破坏当地的生态平衡。如引自澳大利亚而入侵我国海南岛和雷州半岛许多林场的外来物种薇甘菊，由于这种植物能大量吸收土壤水分从而造成土壤极其干燥，对水土保持十分不利。此外，薇甘菊还能分泌化学物质抑制其他植物的生长，曾一度严重影响整个林场的生产与发展。
第三是破坏生物多样性。外来物种入侵会严重破坏生物的多样性，并加速物种的灭绝。生物的多样性是包括所有的植物、动物、微生物种和它们的遗传信息和生物体与生存环境一起集合形成的不同等级的复杂系统。虽然一个国家或区域的生物多样性是大自然所赋予的，但任何一个国家莫不是投入大量的人力、物力尽力维护本国生物的多样性。而外来物种入侵却是威胁生物多样性的头号敌人，入侵种被引入异地后，由于其新生环境缺乏能制约其繁殖的自然天敌及其他制约因素，其后果便是迅速蔓延，大量扩张，形成优势种群，并与当地物种竞争有限的食物资源和空间资源，直接导致当地物种的退化，甚至被灭绝。
最后，严重威胁人类健康。入侵物种会因其可能携带的病原微生物而对其他生物的生存甚至对人类健康构成直接威胁。如40年前传入我国的豚草，其花粉导致的“枯草热”对人体健康造成极大的危害。每到花粉飘散的7—9月，体质过敏者便会发生哮喘，打喷嚏，流鼻涕等症状，甚至由于导致其它并发症的产生而死亡。
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